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集団的個別指導は、前年のレセプト１件当たりの平均点数が指導点数（医科は病院の入院が平均点数の１．１倍、診療所の入院外が平均点数［院内＋院外］の１．２倍、歯科は病院、診療所の入院外が平均点数の１．２倍）より高く、類型区分ごとの医療機関の総数の上位より概ね８％の範囲に位置する場合に対象となる。ただし、前年度及び前々年度に集団的個別指導又は個別指導を受けた場合は除外される。今年度は医科で１００件（６病院［前年度計画比で３件減］、９４診療所［同３件減］）、歯科で６５件（同１３件減）予定されている。集団的個別指導を受けた医療機関は平成２２年度の実績においても、なお指導点数より高い医療機関に該当する場合は、平成２３年度に個別指導の対象となる。

　医科診療所の集団的個別指導は、類型区分ごとに院内処方を行っている医療機関と院外処方を行っている医療機関の平均点数の調整を行った上で順位付けをし、対象者の選定が行われる。具体的には医科診療所の類型区分ごとに院内処方医療機関と院外処方医療機関の平均点数を算出し、院内処方と院外処方の平均点数の差を調整点数（網掛けの部分）として院外処方医療機関の１件当たりの平均点数に加算する。具体例で示すと、Ａ内科診療所（人工透析有以外）が常態として院外処方せんを発行していると院外処方医療機関に振り分けられ、平均点数が１１５０点だと、これに調整点数［院内−院外］の１７２点が加算される（結果、その医療機関の平均点数は１３２２点）。これにより、Ａ内科診療所は院内処方医療機関と院外処方医療機関の平均点数をあわせた平均点数［院内＋院外］１０８７点の１．２倍にあたる１３０４．４点（指導点数）を超えているので、集団的個別指導の対象となりうる。ただし、もう１つの条件である上位より概ね８％の範囲に位置しなければ、集団的個別指導の対象からは外される。なお、今年度は医科、歯科とも５月後半にそれぞれ２回開催。